La nuova struttura dell'ISS è articolata in dipartimenti, centri nazionali e servizi tecnico-scientifici. Disponibili informazioni sulle pubblicazioni dell'Iss (tutte in rete a testo completo dal 2001); sui registri nazionali (aids, gemelli, ed altri); nella sezione (In)formazione, calendario dei corsi in sanità pubblica e dei convegni organizzati dall'Iss. Una grande quantità di documentazione e dati interessanti sono concentrati nella sezione Siti tematici.